Ｑ、残業は上司の許可制にしています。上司が許可しなければ残業代は一切支払う必要はありませんよね？

Ａ、仕事以外の理由での残業ならば払う必要はありませんが、仕事をしているならば当然に支払う必要があります。

前回、【仕事もないのに残業している社員に対して残業代を払う必要があるのか】でダラダラ残業の防止策に関してのＱ＆Ａを書いております。
これは経営者や上司の目の届かないところでの残業や、給料を増やしたいための残業などを、残業申請書等をもとに業務進捗状況を上司が管理することで失くすことが狙いです。
実際にこの残業許可制は多くの会社で実施されています。

ただし今回のご質問のように問題のある運用を行っているケースもごく一部ですがあるようです。

例えば、部下が残業申請書を提出すると
「仕事が遅いから残業になる、能力不足だ」
「緊急の業務以外の通常業務での残業は認められない」
などの理由をつけて残業許可を出せず、そのうえで残業をさせて、
「無許可で自主的に仕事をしていただけ」
「本人の能力が不足していて時間内に終わらない責任をとっているだけ」
ということで残業代を支払わないケースです。

一部のクリエイター職などに適用される「裁量労働制」ならば問題ありませんが、一般の社員の仕事に関しては、仮に能力不足や作業方法に問題があったとしても勤務した時間分の給与は支払う義務が発生します。
またこれが常態化している場合は「黙示の残業指示」＝暗黙の指示で残業指示をしていたとして従業員に対しての残業代の支払い義務が生じます。

もちろん現在、給与をもらっている社員はなかなか抗議することはありませんが、退職する際、またはこっそりと労働基準監督署に相談された時はどうなるでしょうか。
100％会社側が賃金未払＝残業代未払いとして指導をうけ、場合によっては過去２年間分の全社員の残業代を支払うことになります。

無理なことをして形式的に残業代を減らしても、決して会社にとって利益にはなりません。
やはり残業の原因となる原因を分析し、その上で助成金等を利用しての人員補充や、職種によっては裁量労働制の採用、みなし残業代（定額残業代）の導入で計算の負担を減らす、など様々な方法を検討していくことが、中長期的に見た場合に確実な利益となって会社に残ることになります。

労働問題、労務トラブルは問題が深刻化する前に、できるだけ早い段階でご相談いただくのがベストです。
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