Ｑ、有給休暇を取得した社員に対する皆勤手当は休みを取得していることからカット、としてしまっても問題はないのでしょうか

Ａ、有給休暇等を使用した日を欠勤扱いにするような不利益な扱いは禁止されていますので、皆勤手当のカットはできません。

会社によっては、皆勤手当制度を設けている会社は少なくありません。休まずに出勤して働くと、手当が支給されるという制度です。学校時代の皆勤賞というものかをイメージすると理解しやすいと思います。

ただし、皆勤手当は法律で義務付けられている制度ではないので、
●どういう条件で支給するのか
●金額はどうするのか
●どの社員に支給するのか
などの支給条件は会社が任意で決められます。

そのため皆勤の定義を欠勤しないことのみとして、欠勤や遅刻を問わず出勤日数のみを考慮して支給している会社もあります。また月に３回の遅刻・早退までは減額しないようにするなど支給要件は様々です。

皆勤手当の規程を作るうえでは、皆勤を判断する際に、遅刻・早退を許すのかどうか。許さない場合は全額不支給にするのか、それとも、１回だけ遅刻した人、２回遅刻した人、３回も遅刻した人、それぞれで減額規程を設けるのか、などのケースを想定することが必要となってきます。

ただし、質問のように有給休暇を取得したことを理由しての、皆勤手当の不支給や減額は
【労働基準法付則第136条】
「使用者は、有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取り扱いをしないようにしなければならない」
とあるように禁止されております。そのため有給休暇に関しては出勤したものとしてカウントすることが必要になります。

（精皆勤手当）
第●●条
１　精皆勤手当は、当該賃金計算期間における出勤成績により、次のとおり支給する。
①　無欠勤の場合　　月額・・・・円
②　欠勤２日以内の場合　　月額・・・円
２　前項の精皆勤手当の計算においては、次のいずれかに該当するときは出勤したものとみなす。
①　年次有給休暇を取得したとき
②　業務上負傷し又は疾病にかかり療養のため休業したとき
３　第１項の精勤手当の計算に当たっては、遅刻又は早退３回をもって、欠勤１日とみなす。

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